Elle est exclusivement réservée aux 18 équipes de 1ère Division qui s’affrontent sur terrain neutre en match à élimination directe, des 16èmes de Finale à la Finale, de Mai à Août.
Cependant, Espoir FC de Savalou n'ayant pas satisfait aux modalités, n'a pas été retenu pour cette édition.
Le Vainqueur de l’Édition 2006 est exempt du premier tour de l’édition 2007.
La FINALE de la Coupe de l'Indépendance Edition 2007 aura lieu le 1er Août 2007 à 16h à Abomey, capitale historique du Bénin, en présence du Chef de l’État Béninois, Son Excellence, le Président YAYI BONI.
Elle opposera Energie FC, tenant du titre, aux Requins de l'Atlantique et sera retransmise en direct par l'ORTB.